Un ninja valent anomenat Kyoto ha de pujar al terrat d'un edifici alt. Tu en el joc Ninja Up ajudaràs al personatge en aquesta aventura. Davant teu, el teu ninja a terra serà visible a la pantalla. En un senyal, el teu personatge començarà a saltar a una certa alçada. Haureu de dibuixar una línia sota el ninja amb el ratolí. Tan bon punt el dibuixis, apareixerà una corda de goma especial. El teu heroi, després d'haver-hi caigut, farà un salt i volarà amunt. Així que dibuixant aquestes cordes al joc Ninja Up, ajudaràs gradualment a l'heroi a pujar al terrat de l'edifici. Al mateix temps, al llarg del camí, hauràs d'ajudar el ninja a recollir objectes que penjaran a l'aire en diversos llocs del terreny de joc. Per la seva selecció al joc Ninja Up us donarà punts.