Tan bon punt apareixen personalitats no desitjades a la nostra ciutat virtual que perjudiquen la ciutat i els seus habitants, la gent del poble comença a triar un heroi que pugui resistir els dolents. Aquesta vegada, els monstres de l'Associació de Monstres, que es va crear desafiant l'Associació d'Herois, van aparèixer als carrers de la ciutat. Només Saitama o Bald Cloak, també conegut com One Punch Man o One Punch Man, poden tractar-los. Però cal ajudar-lo en One Punch Man 3D Game, perquè hi haurà molts enemics i primer els has de trobar en una gran ciutat. A la part superior dreta hi trobareu un navegador amb punts vermells: aquests són els objectius de l'heroi a One Punch Man 3D Game.