Al regne submarí, van aparèixer boles multicolors que van ser enviades per una bruixa malvada. Aquestes boles estan maleïdes i comporten un perill per als habitants del món submarí. En el joc Cute Bubble Shooter els hauràs de destruir tots. Tindràs un canó especial a la teva disposició, que dispararà boles individuals de diversos colors. Haureu d'examinar-ho tot amb atenció. Tan bon punt aparegui el nucli al vostre canó, haureu de trobar un cúmul de boles exactament del mateix color. Quan estigui llest, feu un tret. La teva càrrega caurà en un grup de boles exactament del mateix color i les destruirà. Per això se us donaran punts al joc Cute Bubble Shooter.