Va passar una cosa increïble, els morts van començar a aixecar-se de les seves tombes i atacar els vius en Zombie Quell 3D. L'exèrcit es va desplegar per lluitar contra ells. L'heroi del joc és un soldat reclutat. Va rebre l'encàrrec de netejar el territori que se li va confiar dels zombis. Cal recórrer-lo, mirar cases i altres edificis per no perdre's ni un sol mort. A més, cal tractar amb els que apareixen al carrer. Recull diverses bonificacions perquè l'heroi pugui reposar munició, canviar d'armes, augmentar el nivell d'entrenament de combat i millorar la salut a Zombie Quell 3D.
