Un accident es va produir en un complex secret d'investigació, en un dels sectors número nou. El subministrament energètic es va interrompre, motiu pel qual es pot interrompre l'experiment, que s'està desenvolupant des de fa temps, la qual cosa comportarà conseqüències irreversibles. L'heroi del joc Sector Nine: Lockdown va anar a corregir la situació. Cal restablir el subministrament energètic, però arribar a la font no és fàcil; la carretera està inesperadament bloquejada per criatures esgarrifoses. Haureu d'obrir el camí movent-vos, disparant i saltant a les plataformes a Sector Nine: Lockdown
