El joc Alien Quarantine té lloc al territori d'un laboratori secret on es duen a terme experiments amb criatures alienígenes capturades. Un dels extraterrestres va aconseguir alliberar-se, va alliberar els altres i va començar un autèntic caos al laboratori. L'heroi del joc Alien Quarantine és enviat a reconeixement, però s'enfronta a un perillós enemic. Ha de restaurar el sistema de seguretat per evitar que els monstres entrin en altres sectors. Per fer-ho, cal activar diversos dispositius, movent-se i disparant, esquivant atacs alienígenes.
