El valent ninja de Kyoto ha d'entrar al castell protegit i robar d'aquí un artefacte que, alhora, va robar el seu temple de la seva ordre. Vostè en el joc Jump Ninja Hero s'unirà a les seves aventures. Per arribar al castell, el nostre heroi ha de travessar una determinada zona, que és custodiat pels soldats enemics. Pel nostre heroi es dispara constantment de llaços, ballestes i altres armes. Vostè està conduint el nostre heroi haurà d'esquivar tots els objectes voladors en ell. Només d'aquesta manera pot sobreviure i arribar al punt final del seu viatge.