En el joc Jump Box Ninja, entrarem al món on viuen les persones de la caixa. Fins i tot en aquest món hi ha una casta de guerrers Ninja, ens familiaritzarem amb un d'ells. Aquest guerrer farà avui un curs mortal per convertir-se en un mestre d'arts marcials. Veureu el vostre heroi a la pantalla. Des de diferents costats sortiran les llances agudes, que quan arriben al nostre personatge només el maten. Hauràs d'endevinar amb precisió el moment i aconseguir que el personatge passi. Per tant, volarà sobre territori perillós i continuareu.