Per sobre d’una colònia de terrícoles, que es troba en un dels planetes, van aparèixer estranyes bombolles multicolors. Al final va quedar ple de verí. Poc a poc van descendint sobre la colònia de terrícoles. Al joc Bubble Planets hauràs de destruir-los tots. Per a això utilitzaràs un canó especial. Llançarà càrregues individuals amb un color determinat. Haureu d’examinar amb atenció totes les bombolles i trobar un lloc on es concentren determinats objectes. Han de tenir el mateix color que la vostra càrrega. Després d’això, llançaràs un tret. El nucli que colpeja un cúmul d'objectes els farà explotar i se us donarà un nombre determinat de punts. La vostra tasca és netejar el camp de joc de totes les bombolles tan aviat com sigui possible mitjançant la realització d’aquestes accions.