El valent ninja de Kyoto, seguint les instruccions del cap de la seva ordre, ha d'anar a les Terres Fosques i trobar-hi artefactes antics. Tu en el joc Ninja vs Zombies t'uniràs a ell en aquesta aventura. El vostre heroi haurà de passar per molts llocs i superar diversos perills. Hordes de zombis recorren els llocs amb els quals el teu heroi haurà de lluitar. Entrant en batalla amb ells, l'heroi utilitzarà diverses armes. En destruir els morts vius, guanyareu punts i també podreu recollir trofeus que els cauran. Amb els punts que obtingueu, podeu comprar diverses armes i municions per al vostre personatge a la botiga del joc.