Viatjant per tot el món, Naruto va caure accidentalment en un portal que el va portar al món de les ombres. Ara el nostre heroi haurà de trobar el camí a casa. Tu al joc Naruto Shadow Adventures l'ajudaràs amb això. Amb les tecles de control, obligaràs l'heroi a avançar per la zona. En el camí, superarà diversos obstacles i trampes. A tot arreu hi haurà monedes disperses i altres articles que el vostre heroi haurà de recollir. Si et trobes amb els habitants d'aquest món, els homes de l'ombra, hauràs de lluitar contra ells. En controlar les accions de Naruto, colpejaràs a l'enemic. En destruir els enemics rebràs punts i recolliràs els trofeus que cauran.