Un guerrer ninja valent va entrar en un antic calabós. El nostre heroi haurà d'explorar-lo i recollir totes les monedes màgiques d'or. Tu en el joc Ninja Auto Run l'ajudaràs en aquesta aventura. Davant de tu a la pantalla veuràs una de les sales del calabós. El vostre heroi s'hi correrà a una velocitat determinada. En el seu camí apareixeran punxes que sobresurten del terra, obstacles de diverses altures i altres trampes. Quan el vostre heroi s'enfronti a aquests perills, els haureu de fer saltar. D'aquesta manera, el teu ninja volarà a través de tots aquests perills. En el camí, ajuda el personatge a recollir monedes d'or per les quals se't donaran punts al joc Ninja Auto Run.