A Ben 10: Brains vs Bugs hauràs d'ajudar un divertit extraterrestre verd a alliberar els seus amics segrestats. Davant teu, el teu personatge serà visible a la pantalla, que es troba en un lloc determinat. Utilitzant les tecles de control guiaràs les seves accions. El vostre heroi haurà de caminar per una ruta determinada, superant diverses trampes i altres perills. En el camí, recollirà monedes d'or i altres articles útils que us aportaran punts al joc Ben 10: Brains vs Bugs i pot oferir al personatge diversos tipus de bonificacions. A més, el teu personatge haurà de lluitar contra els errors que es trobaran al seu camí.