La migració dels ocells és la migració anual dels ocells cap a regions més càlides. Un cop arriba la tardor, moltes espècies d'ocells es dirigeixen cap al sud per sobreviure al fred hivern. Els ànecs són un d'ells, i en el joc ajudaràs a un ànec a superar un vol difícil. Però primer has de triar un personatge d'entre els herois presentats al joc: Pam, Mac, Uncle Dan, Gwen i Dax. Qualsevol d'ells obeirà el vostre control. L'argument de Migration Flappy Duck és que el teu ocell ha caigut darrere del ramat. Quan tots els seus familiars van volar, la seva ala es va fer malbé, però ara s'ha curat i pots intentar posar-te al dia amb el ramat i volar junts. Però primer hauràs de superar molts obstacles i batre les ales amb força sense descansar a Migration Flappy Duck.